迄今为止多头管理、条块分割的体制机制仍是困扰我国物流业发展的瓶颈。这带来了多方面的深层次问题：

首先，运输部门的体制分割造成了物流资源的分散浪费，并阻碍了现代化物流服务方式的发展。一是由于体制分割所造成的资源浪费现象数不胜数。如按照多式联运理念，集装箱通过铁路直接抵达港口是最集约化的集散方式，然而著名的洋山港东海大桥却并未建成公铁两用桥，造成了目前抵达洋山港的集装箱只能先从船上卸到运输车上，经过大桥然后再装到火车上的多次短捣现象。还有一些地区，公路桥和铁路桥并行而建、遥遥相望却无法融为一体。二是体制分割现状影响着现代化物流服务方式的发展。现代化的物流服务方式是以多式联运为基础的，需要各种运输方式之间的统一协调以便于转换。而目前各种运输方式的多头管理、相互分割和独立发展造成了诸多问题。如一个物流企业如果要在国内从事铁路、公路、航空、海运等包含多种运输方式的货物运输，它必须向不同部门得有关审批单位提出申请，手续繁琐、效率低下。另外，目前不同运输方式在运输组织、服务规范、技术及装备标准等方面存在都较大差距，无法有效衔接，因此很多企业只能用单一的运输方式来开展物流服务。

其次，管理体制机制的不畅还导致了部门、行业的割裂和地方保护现象。现代物流业的发展需要形成社会化的物流系统和跨区域、跨行业的物流网络。由于各管理部门、各地方政府制定政策法规多从本部门、本行业和地方利益出发，致使许多部门间办事难度大，地区间物流活动受到割裂或阻碍。在各行业间，许多部门都要争相培育和引导物流，使得物流活动运作分散的现实和物流产业发展整合的要求形成较大的反差。在各地区间仍存在着地方保护主义现象。一方面，有些地区对本地和外地的运输、物流企业等采取区别对待的做法；另一方面，一些物流企业想方设法寻求部门或地方政府的保护，造成一种不正常、不公平的竞争格局。

最后，部门间出台的政策虽然很多，但未能互为补充、相互促进。近年在国家政策和舆论给物流业的发展提供非常广阔的空间和支持的带动下，物流相关部门和行业如发改委、交通运输部、铁道部、商务部等也都制定了促进现代物流业发展方面的相关政策和规定。但由于体制机制的制约，各部门出台的政策虽然很多，但并未能实现彼此之间的有效融合，各部门也都是在各自的职权范围内各司其职。这虽然在一定程度上推动了物流业的发展，但勿容置疑，也带来了一些交叉和矛盾的现象。

物流业是以社会化的需求为基础的生产性服务业。2008年，我国工业品物流总额高达79.9万亿元，占社会物流总额的88.8%。制造业物流运作模式的改变是我国物流业发展的主力军。虽然近年随着物流理念在我国的逐步深入，许多制造企业分离外包了物流业务，然而迄今，仍有许多行业和企业还在按照“大而全、小而全”的模式运行，外包也仅仅是停留在仓储和运输等部分业务。我国生产制造业与物流业的有效联动仍然不足，面临着双重阻力。

一方面，传统的生产制造企业正面临着现代企业制度的改造，物流业务外包理念的深入仍需时日。现代企业制度所要求的科学的管理制度将使企业内部的核算体制更加合理，对于企业在物流方面的记录、分析、监督、管理、控制会更加细致、客观、有效。物流将成为衡量和制约企业经济效益的一个重要指标。在自主经营的原则下，企业有压力和动力进行必要的物流核算。清晰的物流核算体系将使企业的物流需求分离出来，进入市场交易的范围。企业也将充分利用市场资源，控制物流交易成本。而我国目前生产制造企业正处于现代企业制度改造时期，企业内部物流成本模糊不明使其没有动力进行物流外包。

另一方面，虽然近年来我国物流企业发展很快，但物流行业整体仍处于数量扩张的粗放式经营阶段，网络化、集约化、专业化的物流服务体系尚未形成。一是物流企业规模普遍偏小，物流组织化程度低。2008年，我国前50强物流企业主管业务收入仅占全国物流相关行业总收入的13.3%，市场集中化程度低。二是企业主营业务附加值低，增值服务少。大部分企业只能提供单一的运输和仓储服务，缺乏流通加工、物流信息服务、库存管理、物流成本控制等增值服务，特别是在物流一体化解决方案设计和管理等高端服务方面还比较欠缺。

即使经过多年努力，迄今我国物流业发展的相关要素支撑仍显不够，主要表现在以下五个方面：

一是基础设施发展不平衡。一方面不同运输方式衔接不畅。货物运输过程中往往出现多次中转、分拆倒装，增加了无效运输，难以满足物流服务一体化的需要。另一方面重线路、轻节点。相应的物流节点建设相对滞后，线路和节点、节点与节点间缺乏统筹协调，网络作用发挥不够。

二是物流标准化体系建设落后。一方面相关标准仍需完善，在设施和设备、信息化等标准化方面比较低。如各种货运方式之间衔接标准不统一、托盘等物流器具标准不配套、物流包装标准和物流设施标准之间缺少有效衔接。另一方面体制性障碍和市场化发育不足使得物流标准化管理工作落后，各种标准难以推广，应用正确率低。

三是信息技术应用水平低。主要表现在：企业内部物流管理信息系统和技术手段都比较落后。公共信息平台建设虽然近年来进展较快，然而仍处于摸索阶段。

三是物流技术装备落后，标准化程度低。货运车辆、搬运设备、仓储设备等物流装备落后，运作效率低。先进的物流管理和技术应用不广泛，创新能力不强。

提起我国物流市场的“乱”，每一个物流从业人员都可谓深有感触。一方面对大多数承运人而言，这些年来持续在价格上的低端恶性竞争使企业的利润空间一步步被挤压，企业运营举步维艰。另一方面对于托运人而言，时不时就发生的“货运蒸发”、“卷款走人”等现象使货主谈之色变。

物流市场无序竞争的根源在于两个方面：一是物流市场的“多、小、散、弱”。目前我国各地的物流企业往往都是采取“群聚”的形态，一条对外城市主通道周围往往有几十家物流企业。这些企业规模大小不等。有的是大型物流公司设立的网点；有的是货运信息部；有的只有两三条运输线路和两三辆车；更小的甚至连运输车辆都没有，只是一个小黑板和两三个办公人员。这种集中分布的形态使得这些业务类别相似、价格趋近的物流企业之间竞争非常激烈，而且都是停留在低端无序的竞争上。二是缺乏有效的市场规范手段。可以说并非中国存在中小型物流企业居多的情况。英国拥有108，000家货运企业，其中大约有一半是拥有一辆货车的小型营运者。美国的货运业在20世纪80年代放开管制后，十几万家小型企业应运而生，目前这个数目已经达到45万家。因此，物流企业的“大”或“小”本身并不是问题。物流市场无序竞争的根源还在于没有形成良好的市场竞争环境和竞争机制，政府缺乏有效的市场规范手段。市场规范的缺失给市场带来的问题表现在诸多方面：如物流企业的管理处于“谁都管，谁都管不到底”的真空地带；物流企业“抱团取暖”的诉求得不到有效的支持形式；缺乏一个公平、公正的行业信用评价体系等。

物流市场的无序竞争使得整个行业的抗风险能力较低。在2008年出现的金融危机中，随着业务需求的萎缩，市场竞争更趋激烈、无序。大多数仅从事传统业务的物流企业的利润空间被一步步挤压，经营困难，一批批中小型物流企业纷纷倒闭。

近年来，在陆续出台的政策驱动下，我国粮食、钢铁、汽车等行业物流领域取得了重大进展，如出台了《粮食现代物流发展规划》、《粮食现代物流项目管理暂行办法》；医药物流也出现了像九州通等较大型的物流企业。然而不容忽视的是，受我国物流业起步较晚的影响，一些涉及国民经济发展的重点领域仍存在许多亟待解决的问题。如在冷链物流中，服务网络和信息化系统不够健全，食品在途时间长；缺乏冷藏车等专业化的技术装备和冷藏库等专业化的基础设施，食品损耗严重。粮食物流仍是铁路单程运输、请车率低。大件运输缺少专用管理办法及特定的标准，跨省运输缺乏统一的管理和协调，相关费用过高。危货运输市场准入门槛过低，用车辆作为市场准入的衡量标准已经不能满足市场的需要。特别是随着“三农”问题逐渐得到国家和党中央的重视，作为物流系统末梢的农村物流系统所存在的一系列问题开始凸显，如基础设施、技术装备落后、缺乏有效的政策支持和导向等。这些关键领域的物流服务能力仍有待加强。