虽然物流运作是企业的客户服务行为，但客户服务的一系列手段和运作过程却不仅与企业的经营管理活动有关，而且与公众利益甚至与国家经济安全有关。所以政府也要参与到物流运作中，政府参与物流运作的目的是为了维护公众利益和国家的经济安全，而不是为了与民争利。就一般意义上的政府经济职能的定位来看，政府是市场的管理者，政府管理市场的目的是维护市场经济秩序即维护公平竞争的环境。所以，政府在物流发展过程中的市场定位就包含两个基本点：一是维护公平竞争；二是维护公众利益。

在物流发展过程中，物流基础设施的公共产品特殊性以及企业物流活动的外部效应造成了市场经济机制不能有效发挥调节作用，这两方面正是政府作为物流市场管理者所要解决的问题。

现代物流系统是交通基础设施、商品储存设施和信息网络设施等的集合体。完善的物流基础设施是现代物流发展的要求，对提高物流效率、降低物流成本、改善物流条件、保证物流质量具有举足轻重的作用。只有通过完善物流基础设施才能为现代物流的发展提供基础，但是，物流基础设施，如交通基础设施、公共仓库、公用型物流园区、公共物流信息平台等多属公共产品，不但投资大、回收期长、自身效益低、风险高，而且具有非排他性和非竞争性，使一般营利组织，特别是私人企业因为得不到应有的投资收益而不愿意建设或无能为力，这些公共产品的供给和消费不是市场机制所能合理调节的。在“市场失效”状态下，需要政府部门、公共部门的介入，把现代物流发展规划纳入经济社会发展的总体规划，采取有力措施，提供公共性的物流基础设施。

关于物流活动的外部效应问题，主要是指物流企业行为对他人的福利造成影响，产生“外部效应”，又称为外在性。当物流企业进行物流活动，如提供物流信息服务、物流共同化服务等使企业收益小于社会收益时，外部效应为正向外部效应，又称为外部经济；当物流企业进行高频次的运输配送活动等造成生态环境问题，但不把社会成本计入物流成本导致企业成本小于社会成本时，外部效应为负向外部效应，又称为外部不经济。现实经济生活中，无论是正向外部效应还是负向外部效应，都会降低市场配置资源的效率，如公共物流信息供给量总是小于资源配置最优所需的供给量，功能单一的卡车运输服务供给量总是大于资源配置最优所需的供给量。

物流活动是由企业作为主体来承担的，但是对于企业物流活动的“外部效应”问题，市场机制无法解决。市场制度的内在局限性决定了仅仅依靠企业是难以实现现代物流的效率和效果，有必要政府部门对物流活动的适当介入，促进现代物流健康、有序、持续的发展。政府应制定相应的政策措施，鼓励产生有利外部效应的物流活动，如共同配送方式能提高卡车运载效率，优化城市功能，增强物流效率与城市发展的协调。另一方面，政府还应限制造成负面外部效应的物流活动，如企业汽车运输活动带来汽车尾气排放超标问题，根据污染者负担原则对其征税用来治理环境污染，促使外部效应内在化，同时提高现代物流活动的效率性与公平性。

政府行政机构主要从经济社会发展出发考虑问题，纠正市场缺陷，保障公共利益，为物流服务商、消费者提供社会基础设施和公共服务，促进物流效率与社会发展的协调。

交通运输行业主管部门在促进现代物流发展中的定位要充分结合交通运输业与现代物流的关系，政府与市场的关系以及行业的管理范围。既要立足于交通运输的本职工作，又要找到与现代物流的结合点；既要发挥市场配置资源的基础作用，又要体现政府宏观调控职能与意志。结合《国务院办公厅关于印发交通运输部主要职责内设机构和人员编制规定的通知》对交通运输部的职责界定，以及《分工方案》中分配的相关任务，确定了交通运输行业主管部门在促进现代物流发展中的定位，主要体现在以下几个方面：

港口与公路货运站场是货物中转、集散的重要场所，是重要的物流基础设施，具备向物流园区转型发展的良好条件。在促进物流发展过程中，交通运输主管部门要扮演好物流基础设施建设者与规划师的角色：在全国范围内对主要港口和国家级公路货运站场进行统一规划、统筹考虑，加强与空港、铁路货运站场衔接，形成层次分明、结构合理的运输网络；对于国家层面、具有战略意义的港口、公路货运站场进行资金支持与政策倾斜，其中包括对西部地区、农村等贫困地区的货运站场建设；加强港口、货运站场内多种运输方式的衔接，加强与公共物流园区的融合发展。

在市场经济条件下，良好的市场环境是企业生存发展的重要条件，是市场机制得以充分发挥的保障。从交通运输与物流之间的关系来看，运输费用占物流总费用比重最大，运输企业是转型发展成物流企业的主体，运输业务是物流企业的主营业务。因此，健康、规范、有序、竞争的货运市场是物流业快速发展的保障。在促进物流发展过程中，交通运输主管部门要扮演好物流市场发展环境营造者的角色：加强对货运市场的监管，利用政府信息资源与公信力，建立货运诚信体系；加强对货运代理业的管理；通过完善已有的物流/货运信息平台等途径提高运输市场信息的充分性和对称性，促进运输效率的提高。

物流业要发展，关键是要形成具有现代服务理念与服务能力的物流企业。传统的货物运输企业具备客户资源、网络优势、业务经验、运输基础等优势，具备发展为现代物流企业的良好条件。在促进物流发展过程中，交通运输主管部门要扮演好企业转型引导者的角色：鼓励企业加快联合与联营，向规模化、集约化、网络化方向发展；支持有条件的货运企业向现代物流企业转型，拓展服务领域、延伸服务链条，由提供单一、低附加值的运输服务逐步向提供综合、高附加值服务转变。

先进运输工具不仅是提高运输生产效率的基础，也是提升不同运输方式间以及运输与其他环节货物转换效率的重要条件，是重要的物流设备。然而由于我国的货运市场结构、运输工具价格水平以及运输的负外部性，在运输设备更新换代、先进技术的使用上仅仅依靠市场机制是难以完成的。在促进现代物流发展中，交通运输行业主管部门要扮演好运输设备、技术装备升级换代推动者的角色：对于先进、节能、环保运力的更新、先进技术的使用给出明确的政策导向，并出台相关支持、配套政策予以推广和普及。

交通运输行业是现代物流发展的基础，与物流行业密切相关。交通基础设施、运输工具、货运市场、运输企业都在物流业发展中发挥着重要的作用。在本次《分工方案》中交通运输部也是仅此于发改委分工任务最多的部委，由此可见国家对交通运输行业在促进物流发展中重要地位的认识。因此，交通运输行业主管部门在促进现代物流发展中要扮演好物流业发展战略、规划、标准、政策制定参与者的角色：各级交通主管部门参与到国家、地方相关发展战略、规划、标准、政策的制定中去，这也是现代物流发展的客观要求。